高中生侦探工藤新一，在追踪一起离奇案件时，意外撞破神秘组织的非法交易现场。行踪暴露后，他被组织成员强行灌下一种尚处试验阶段的神秘药物。本以为性命堪忧，却在药效发作后，身体竟奇迹般地缩小成小学生模样。为隐藏身份、保护身边之人，工藤新一化名江户川柯南，寄住在毛利小五郎的侦探事务所。​
在毛利事务所，柯南凭借过人智慧与推理能力，巧妙引导毛利小五郎侦破一桩桩错综复杂的案件，使毛利小五郎声名渐起。与此同时，他始终牢记自己的真实身份与使命，暗中紧锣密鼓地调查神秘组织的线索，一心恢复身体，彻底揭露组织的惊天阴谋。​
在这段充满未知与挑战的旅程中，柯南结识了性格各异、志同道合的伙伴，众人并肩作战，共同直面接踵而至的危险与挑战。无论是诡异的杀人案件，还是神秘组织设下的重重陷阱，柯南都凭借坚定信念、卓越智慧与无畏勇气，一次次化险为夷，向着真相与正义稳步迈进。​
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