故事设定于充满未来感的第三新东京市。中学生碇真嗣与双亲平静地生活着，每日与青梅竹马的明日香相伴上学。一日，真嗣邂逅神秘少女绫波丽，意外得知她是母亲碇唯的远亲，且即将住进家中。自此，围绕着这群青春少年少女的恋爱故事缓缓拉开帷幕。与此同时，人工进化研究所里那些神秘莫测的实验情节巧妙穿插其中，期间还不时出现向经典 TV 版致敬的巧妙桥段，为整个故事增添了别样魅力。
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