高一那年夏天，少年森岛帆高从偏远岛屿决然离家，奔赴东京。初到东京，他生活窘迫，好在寻得一份为超自然杂志撰稿的工作。彼时，东京天空连日阴雨，阴霾密布。在麦当劳里，帆高与天野阳菜不期而遇。阳菜与弟弟相互依靠，且拥有神奇能力，只要虔诚祈祷，便能驱散阴霾，让天空放晴。
自相识后，帆高和阳菜巧用阳菜的能力，为人们提供 “定制天气” 服务，以此赚取收入，两人在这过程中，感情也悄然升温。然而，好景不长，帆高因之前开枪之事被警察紧追不舍，阳菜这边也面临弟弟即将被收养的难题，无奈之下，二人开启逃亡之路。逃亡途中，阳菜向帆高吐露心声，直言因过度施展能力，自己的身体会渐渐变得透明，直至最终消失。为了让东京重归晴朗，阳菜毅然决然选择献祭自己给天空。
帆高一心想要救回阳菜，他冲破重重艰难险阻，来到那座曾经的废弃大楼，穿过鸟居，踏入天空之境，历经波折，终于成功将阳菜带回地面。但帆高也因这些事件，被遣送回家，还受到保护观察处分。三年时光转瞬即逝，帆高凭借努力考上东京农工大学，再次回到东京，与阳菜欣喜重逢。此刻的东京，虽因持续降雨，部分区域已被淹没，可他们毫不畏惧，勇敢地携手直面未来。
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