故事紧接第二部的一年后。在之前的事件中，主角高木藤丸经历了与K怖分子的多次对抗以及各种艰难的挑战。这一部中，藤丸消失在亲友的视野中，切断了和妹妹高木遥、好友九条音弥的联络。11 月底，多国首脑来到日本参加活动，而藤丸却出现在了似乎要破坏活动的敌方队伍中。原本是对抗K怖分子的英雄，如今却站在了对立面，这让曾经的战友 —— 公安调查庁 “third-i” 的工作人员们感到十分震惊。藤丸究竟为什么要这样做？随着剧情的推进，背后的真相逐渐浮出水面，一场新的较量也在曾经的伙伴之间展开。而藤丸实际上是加入K怖组织为了揭露 J 国总理的恶行，他用自己的黑客本领，与人联手策划了一系列行动，试图阻止一场可能危害世界的阴谋。
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